La Vie des Pères du Jura relate qu'au début du 5ème siècle, Romain et Lupicin fondent le monastère de Condat (St Claude). Vers 445, Lupicin vient de Condat fonder le monastère de Lauconne (St-Lupicin). Au 11ème siècle, décision est prise de reconstruire l'église. Les travaux se poursuivent jusqu'au 12ème siècle avec la construction du clocher. La consécration de l'église a eu lieu en 1110 et une bulle du pape Pascal II donne pour la première fois le nom de Saint-Lupicin à l'antique Lauconne.
Le porche : il est à double voussure et sans tympan. De chaque côté une colonne avec astragale surmontée d'un chapiteau à angles abattus. Au dessus du porche apparaît dans le mur un décor réticulé de petites pierres.
Au centre du mur, une baie circulaire percée en 1634.
Les deux petites baies percées en bas, à droite et à gauche l'ont été en 1880.
Tout en haut, au centre, il y a une ouverture en croix grecque. De chaque côté de la croix on remarque 2 petits oculi obturés.
La découpe du mur de la façade surmontée de bardeaux de pierre donne une idée du dessin primitif des toits.
À l'entrée on descend 3 marches pour arriver au niveau du sol de l'église pavé de dalles de pierre irrégulières. Il y a une grande nef et 2 nefs latérales (moins hautes) séparées par des arcades en plein cintre, portées de chaque côté par 4 piliers carrés et ronds, sans socle ni chapiteau.
Les piliers ronds s'évasent pour rattraper la section carrée des arcades.La maçonnerie de la tribune date du 11ème siècle.
Séparée des 2 petites nefs par des arcades retombant sur des piliers ronds et carrés, elle possède une voûte formée de 3 travées qui date de 1634. Les croisées d'ogive sont nervurées. Les culots centraux portent les noms des échevins et les 3 clés au mur portent la date et les sigles MA et IHS. Primitivement il n'y avait pas de voûte. Dans le mur, actuellement sous le toit, il y avait 4 baies, en plein cintre, de chaque côté. On peut voir cette partie de mur avec les ouvertures en passant sur la voûte de la petite nef de gauche pour aller au clocher.
Même architecture que la grande nef avec chacune 4 baies en plein cintre. La nef de gauche (la plus courte) possède une porte latérale. En vis-à-vis, la nef de droite a une niche dans le mur où était conservé l'évangéliaire de St-Lupicin. En continuant à droite on trouve un escalier et une porte permettant d'accéder à la chambre du Prieur qui est l'actuelle sacristie. L'écart de longueur des 2 petites nefs est d'environ 1 mètre.
Du côté nord (à gauche) il est éclairé par 2 grandes baies et un oeil de boeuf percés en 1634. Le côté sud a été aveuglé au 15è s. par la construction du prieuré qui lui est adossé. On peut voir au centre du mur l'emplacement d'une baie en plein cintre obturée.
Le transept avec la nef centrale forment un carré sur lequel est bâti le clocher. Ce carré est fait de fortes arcatures en plein cintre qui retombent sur des piliers cruciformes, adossés au mur du choeur à l'est. Ces arcs supportent des murs percés d'une baie sauf en ouest. Sur ces murs, sont bâtis 4 arcs en encorbellement destinés à réduire le carré. Sur ce carré réduit, on a bâti une petite coupole sur trompes, les trompes venant s'insérer aux 4 angles du carré. Cette architecture dénote une rare maîtrise. Elle est comparable au mausolée de Galla Placidia à Ravenne (Italie).
De forme semi-circulaire, elles se terminent en cul de four. Dans l'absidiole de gauche, se trouvent l'autel et la châsse de St-Lupicin ; celle de droite l'autel de N. Dame. Dans l'abside se trouve le maître autel sous lequel on a découvert, en 1689, la sépulture de St-Lupicin. Ces 3 absides sont éclairées par des ouvertures en plein cintre qui ont été agrandies au 18è s. au détriment des bandes lombardes de l'extérieur.
Il est attenant à l'église et date du 15ème s. Il est propriété privée. L'appartement du Prieur fait actuellement office de sacristie. Les poutres de la chambre sont datées entre 1457 et 1480. Il y a des armoiries sculptées (deux chevrons contrariés du prieur Claude Venet). Sur l'appui de la fenêtre est gravé un petit cadran solaire.